Mauro Pesce attualmente svolge liberamente attività di ricerca storia sul cristianesimo e in particolare su Gesù e le origini cristiane. È stato ordinario di Storia del Cristianesimo presso l’Università di Bologna.
Nel 1979 ha fondato l'Associazione italiana per lo studio del giudaismo di cui è stato segretario per i primi quattro anni. Nel 1988 ha fondato il Centro Interdipartimentale di studi sull'Ebraismo e sul Cristianesimo dell'Università di Bologna. È stato coordinatore del Dottorato in Studi religiosi: Scienze sociali e studi storici sulle religioni dell'Ateneo di Bologna. È con-direttore della collana di commenti al Nuovo Testamento ideata da Peter Arzt-Grabner: Papyrologische Kommentare zum Neuen Testament. Dirige, dal 1984, la rivista Annali di storia dell'esegesi.